El Ministerio tendrá un nuevo viceministerio: el de Desarrollo Rural  que, entre otras funciones, será el responsable de las políticas de desarrollo rural con enfoque territorial.

Este viceministerio será el encargado de diseñar políticas que promuevan  la gestión de los bienes públicos rurales; de implementar políticas  sobre el ordenamiento social de la propiedad rural y liderar los programas de desarrollo rural con enfoque territorial.

Un segundo viceministerio será el de Asuntos Agropecuarios que tendrá la tarea, entre mucha otras, la tarea de proponer e implementar las políticas para mejorar la productividad y la competitividad agrícola, forestal, pecuaria, pesquera y acuícola y la de asesorar y proponer mecanismos y estrategias que promuevan el fortalecimiento de las organizaciones gremiales y asociaciones de productores orientadas al mejoramiento  de la productividad y la competitividad.

El Ministerio tendrá las siguientes direcciones: de Ordenamiento Social de la Propiedad Rural y Uso Productivo del Suelo; de Gestión de Bienes Públicos Rurales; de Capacidades Productivas y Generación de Ingresos; de Cadenas Agrícolas y Forestales; de cadenas Pecuarias, Pesqueras y Acuícolas; de Financiamiento y Riesgos Agropecuarios y de Innovación, Desarrollo Tecnológico y Protección Sanitaria.

El Despacho del Ministro tendrá oficinas asesoras en Planeación y Prospectiva; Jurídica; de Asuntos Internacionales; de Control Interno y de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones.

La Secretaría General, que entre sus obligaciones  asistirá al Ministro  en la determinación de las políticas, objetivos y estrategias relacionadas con la administración del Ministerio, tendrá una subdirección administrativa y otra financiera.

En la órbita del Ministerio estará en Fondo de Fomento Agropecuario (creado como una cuenta separada por el Decreto Ley 313 de 1960) cuyo objeto es impulsar las actividades que contribuyan al fomento del desarrollo del sector agropecuario, pesquero y de desarrollo rural.

Estarán adscritas o vinculadas al Ministerio de Agricultura el ICA, INCODER,  la Unidad de Restitución de Tierras, la AUNAP, UPRA, el Banco Agrario, Finagro, Almagrario, Vecol, Fondos Ganaderos, corporaciones de abastos, y las entidades con participación mixta como Corpoica y la CCI.

A su renovada estructura, el  Ministerio contará con mayores asignaciones presupuestales. El presidente de la República  Juan Manuel Santos confirmó que en el 2014, al MADR se le asignarán recursos adicionales para inversión por $3,1 billones de pesos que están supeditados a las fuentes de financiación que se aseguren en el Congreso como es la prolongación del 4x1000 en el 2014.